Jadwal keberangkatan KA Mutiara Selatan dari Stasiun Bandung juga mengalami perubahan. Semula jadwal keberangkatan pukul 15.45 berubah menjadi pukul 16.50 atau tukar jadwal dengan Kereta Api Malabar. Untuk keberangkatan dari Stasiun Malang pada pukul 16.20, keberangkatan Surabaya masih tetap pukul 19.00.
Perubahan mendasar juga dilakukan pada KA Mutiara Selatan. Selama ini KA Mutsel melayani kereta api kelas bisnis, mulai 3 Oktober 2016 melayani penumpang dengan kereta api kelas ekonomi AC. Jangan kawatir, KA Ekonomi AC ini merupakan generasi terbaru kereta api ekonomi buatan tahun 2016 oleh INKA. KA Ekonomi ini di klaim lebih baik dari kereta api ekonomi sebelumnya.
Update : Mulai tanggal 21 Oktober 2016 KA Mutiara Selatan kembali menggunakan rangkaian kereta kelas bisnis.
Dengan dilajankannya KA Mutiara Selatan sampai dengan Malang, Maka KA Singosari Ekspres yang jalan saat weekend saja otomatis batal perjalannya, alias tidak jalan lagi.
Baca : KA Ambarawa Ekspres Tujuan Semarang Surabaya PP.
Jadwal KA Mutiara Selatan Malang Bandung (KA 131)
| STASIUN | KEDATANGAN | KEBERANGKATAN |
| MALANG | - | 16.20 |
| SURABAYA GUBENG | 18.20 | 19.00 |
| MADIUN | 21.35 | 21.46 |
| SOLO BALAPAN | 23.20 | 23.25 |
| YOGYAKARTA | 00.15 | 00.30 |
| KORYA | 03.30 | 03.34 |
| BANDUNG | 09.59 | - |
Jadwal KA Mutiara Selatan Bandung Malang (KA 132)
| STASIUN | KEDATANGAN | KEBERANGKATAN |
| BANDUNG | - | 16.50 |
| TASIKMALAYA | 19.53 | 19.59 |
| YOGYAKARTA | 01.27 | 01.35 |
| SOLO BALAPAN | 02.24 | 02.30 |
| MADIUN | 04.02 | 04.08 |
| SURABAYA GUBENG | 06.43 | 07.20 |
| MALANG | 09.35 | - |
Selain KA Mutsel yang diperpanjang rutenya, KA Ciremai Ekspres juga di perpanjang ; Baca Juga KA Ciremai Ekspres mulai Layani Penumpang Semarang Bandung.
Pemesanan tiket KA Mutiara Selatan Malang Bandung dan Bandung Malang kelas ekonomi untuk Bulan Oktober dan seterusnya sudah bisa dilayani di online tiketing, loket stasiun dan di channel eksternal lainnya. PT KAI Perpanjang Rute KA Mutiara Selatan Sampai Malang dengan keberangkatan Malang 16.20, keberangkatan Bandung 16.50.
